Nguồn gốc của giống trồng này được xem là xuất phát từ cù lao Ngũ Hiệp.[2] Tuy nhiên, một nguồn khác chỉ ra rằng giống trồng có nguồn gốc ở Tam Bình, địa phương nằm cạnh cù lao, chúng đã được trồng vào những năm 1930 bởi ông Chánh bái Mẫn. Cho đến những năm 1960 giống trồng này mới được bắt đầu trồng trên cù lao Ngũ Hiệp bởi một nông dân gốc Tam Bình tên là Hai Tôn. Từ đó, sầu riêng Khổ qua trồng khắp cù lao này.[3]